Τα ερευνητικά προγράμματα είναι σημαντικό τμήμα της ερευνητικής δραστηριότητας των μελών του Τμήματος. Εποπτεύονται από μέλη ΔΕΠ και μπορούν να συμμετέχουν μεταπτυχιακοί και διδακτορικοί φοιτητές και φοιτήτριες, καθώς και ερευνητές και ερευνήτριες από άλλα ελληνικά και ξένα πανεπιστήμια και ερευνητικά κέντρα. Ωστόσο όλη η ερευνητική δραστηριότητα των μελών ΔΕΠ του Τμήματος δεν περνά από ερευνητικά προγράμματα.
Πρόσφατα τα ερευνητικά προγράμματα του Τμήματος εντάχθηκαν στο Κέντρο Ερευνών και Μελετών (ΚΕΜΕ) του Πανεπιστημίου Κρήτης. Αποστολή του ΚΕΜΕ είναι να προάγει την έρευνα στις Ανθρωπιστικές και τις Κοινωνικές Επιστήμες καθώς και τις Επιστήμες της Αγωγής και να εκπονεί μελέτες για λογαριασμό τρίτων.